Тот факт, что директор будет продавать как физлицо, а не как ИП, значения в данном случае не имеет.
Если цель сделки — действительно продать автомобиль. необходимый ООО для осуществления какой-либо деятельности, если автомобиль будет продан по рыночной цене, если по сделке в полном объеме будут уплачены налоги (например, НДФЛ с дохода директора), то подводных камней не будет.
Если же единственной целью сделки является минимизация налогов тем или иным способом, то проблемы обязательно возникнут.
Подробнее об этом принципе, который сейчас применяют налоговики, можно почитать здесь: